Der Begriff Einschluss umfasst in der Gemmologie weit mehr als nur eingelagerte Fremdstoffe in einem Edelstein. Vielmehr sollte die Bezeichnung durch den Oberbegriff "innere Merkmale" ersetzt werden, um wirklich fachlich korrekt zu arbeiten.
Neben den schon erwähnten fremden Mineraleinschlüssen können nämlich auch arteigene Mineraleinschlüsse, Hohlräume, Luftblasen, Bruch- und Spaltrisse im inneren eines Edelsteins auftreten. Gemäß der Ausprägung der inneren Merkmale werden die nebenstehenden Erscheinungsformen klassifiziert.
Das Vorhandensein von Einschlüssen in einem Mineral kann dabei negative als auch positie Auswirkungen auf die Qualität des Edelsteins haben:
Darüber hinaus bilden Einschlüsse durch ihre Charakteristik stets eine wichtige Grundlage für die Besteimmung der Identität und Herkunft eines Minerals. So treten bestimmte Einschlüsse nur in ganz bestimmten Steinen oder sogar nur an ganz speziellen Fundorten auf. Zudem lassen sich viele Edelsteine aufgrund ihrer arteigenen Einschlüsse von ihren äußerlich identisch aussehenden Synthesen unterscheiden.